La hibridación in situ se basa en la capacidad de los ácidos nucleicos de reconocer e hibridar de manera específica con fragmentos de secuencia complementaria, que se marcar con colorantes para poder visualizarlos.
El resultado se puede evaluar en un microscopio óptico (silver in situ hybridization, SISH) o en un microscopio de fluorescencia (FISH).
| Biomarcador | Técnica | Alteración génica |
| 1p | FISH | Deleción |
| 19q | FISH | Deleción |
| ALK | FISH | Traslocación |
| c-MET | FISH/SISH | Amplificación génica |
| CHOP | FISH | Traslocación |
| Ciclina D1 | FISH | Amplificación génica |
| CDK4 | FISH | Amplificación génica |
| EGFR | FISH | Amplificación génica |
| EWSR1 | FISH | Traslocación |
| FGFR1 | FISH | Amplificación génica |
| FGFR2 | FISH | Amplificación génica |
| FGFR2 | FISH | Traslocación |
| FGFR3 | FISH | Amplificación génica |
| FUS | FISH | Traslocación |
| HER2 | FISH/SISH | Amplificación génica |
| HER3 | FISH | Amplificación génica |
| MDM2 | FISH/SISH | Amplificación génica |
| MET | FISH | Amplificación génica |
| PD-L1 | FISH | Amplificación génica |
| PI3KCA | FISH | Amplificación génica |
| p16 | FISH | Deleción |
| PTEN | FISH | Deleción |
| ROS1 | FISH | Traslocación |
| ROS1 | FISH | Traslocación |
| RSPO2 | FISH | Traslocación |
| RSPO3 | FISH | Traslocación |
| SYT | FISH | Traslocación |
| TOP2A | FISH | Amplificación génica |